Gemiddeld wordt 15,3% van het wetenschappelijk onderzoek aan de Vlaamse universiteiten besteld en betaald door de industrie. Dat is meer dan in andere landen. De Leuvense universiteit haalt naar eigen zeggen 20% van het totale onderzoeksbudget bij bedrijven en de EU, in Gent gaat het om 12%. Aan de Antwerpse universiteit werd een nieuw onderzoekslaboratorium voor de helft betaald door Janssen Pharmaceutica.
Naast de directe inbreng is er ook het indirecte gevolg dat amper onderzoek zal worden verricht dat niet nuttig kan zijn voor de private broodheren en zeker geen onderzoek dat tegen hun belangen ingaat.
Het probleem ligt bij het tekort aan publieke middelen voor wetenschappelijk onderzoek. Terwijl in Vlaanderen de Lissabonstrategie werd aangenomen met ook het doel om tegen 2010 1% van het bruto regionaal product (brp) aan onderzoek te besteden, is er minder uitgegeven. Minister Lieten heeft voor 164,7 miljoen euro bespaard. Hierdoor ging de publieke financiering van onderzoek achteruit van 0,78% van het brp in 2008 tot 0,73% dit jaar.
Bovendien wordt de publieke financiering van wetenschappelijk onderzoek steeds meer volgens een bedrijfsmodel (outputfinanciering) verdeeld. Er komen geen middelen bij en dus moeten de hogescholen en universiteiten maar met elkaar concurreren voor de bestaande middelen. In dit model telt de kwantiteit. Hoe meer publicaties, hoe beter en dit los van de kwaliteit. Kritisch onderzoek, lange termijn projecten of maatschappelijk relevant onderzoek wordt ondergeschikt aan onderzoek dat snel rendeert.
De bedrijven (en hun spreekbuizen in de politiek) trachten lange termijn en kritisch onderzoek voor te stellen als onderzoek dat geen maatschappelijke relevantie heeft en enkel leuk is om stoffige professoren een bezigheid te geven. Feit is echter dat de gloeilamp niet uitgevonden is door de kaars te verbeteren en de laser niet uitgevonden is door de gloeilamp te verbeteren. Deze laatste kwam er na ontwikkelingen in de kwantummechanica, wat destijds ook als voer voor stoffige professoren gezien werd, en niet door korte termijn onderzoek waar het bedrijfsleven bol van is.
De publieke onderfinanciering van het onderzoek zorgt ervoor dat onderzoek steeds meer afhankelijk wordt van privéondernemingen. Voor bedrijven als Bayer en Monsanto (het bedrijf dat destijds ook Agent Orange produceerde voor de Vietnamoorlog) primeren de winsten op de gezondheid en op onafhankelijk wetenschappelijk onderzoek.
Het onderzoek dat zij verrichtten heeft enkel tot doel om door middel van patenten (bijvoorbeeld op genetisch gemanipuleerde aardappelen) hun winst en economische macht te verbeteren. Het wetenschappelijk onderzoek moet uit handen van de ondernemingen. Er is openbaar wetenschappelijk onderzoek nodig, onafhankelijk van de aandeelhouders en de privé. Enkel dan kan het onderzoek ten dienste van de gemeenschap worden gesteld in de plaats van in het belang van enkele multinationals.